Die permanente Inventur unterscheidet sich also von der Stichtagsinventur, bei der der gesamte Warenbestand körperlich zum Schluss des Geschäftsjahres aufgenommen wird, durch die Ermittlung des Warenbestandes durch eine regelmäßige (monatlich) buchmäßige Bestandsfortschreibung.

Unter bestimmten Voraussetzungen anerkennt das Steuerrecht die permanente Inventur (Abschn. 30 EStR). Sie unterliegt strengen Anforderungen an die Bestandsfortschreibung (Dokumentation über Belege nach Tag, Art und Menge) und erfordert einmal jährlich den Abgleich zwischen Buchbestand und tatsächlich vorhandenem körperlichen Bestand, wobei die Einzelbestände zu verschiedenen Zeitpunkten körperlich aufgenommen werden können und nicht wie bei der Stichtagsinventur an einem bestimmten Tag insgesamt. Allerdings genügt eine stichprobenweise oder repräsentative Querschnitts-Bestandsaufnahme nicht.